Постановлением правительства Республики Горный Алтай № 30 от 17.02.1992 года создан Комитет по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.
Постановлением Правительства Республики Алтай № 255 от 31.07.1997 года Комитет по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий преобразован в Министерство по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям Республики Алтай (МЧС РА). Этим же Постановлением штаб по делам гражданской обороны г. Горно-Алтайска был реорганизован в Управление по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям, районные штабы по делам гражданской обороны – в отделы по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям.
Постановлением Правительства Республики Алтай № 306 от 21.12.2006 года реорганизованы путем слияния Министерства по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям Республики Алтай и Государственного образовательного учреждения «Учебно-методический центр по гражданской обороне, чрезвычайным ситуациям и обеспечению пожарной безопасности Республики Алтай» в Государственное учреждение Республики Алтай «Управление по обеспечению мероприятий в области гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности в Республике Алтай».
Постановлением Правительства Республики Алтай № 281 от 06.10.2011 года создано казенное учреждение Республики Алтай «Управление по обеспечению мероприятий в области гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности в Республике Алтай» путем изменения существующего Государственного учреждения Республики Алтай «Управление по обеспечению мероприятий в области гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности в Республике Алтай».